scglue
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模
A
accept_shuffle() (scglue.models.data.AnnDataset 方法)
accept_shuffle() (scglue.models.data.ArrayDataset 方法)
accept_shuffle() (scglue.models.data.Dataset 方法)
accept_shuffle() (scglue.models.data.GraphDataset 方法)
adopt_pretrained_model() (scglue.models.scclue.SCCLUEModel 方法)
adopt_pretrained_model() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
aggregate_obs()(在 scglue.data 模块中)
all_counts()(在 scglue.num 模块中)
AnnDataset(scglue.models.data 中的类)
ArrayDataset(scglue.models.data 中的类)
attach() (scglue.models.base.TrainingPlugin 方法)
attach() (scglue.models.plugins.EarlyStopping 方法)
attach() (scglue.models.plugins.LRScheduler 方法)
attach() (scglue.models.plugins.Tensorboard 方法)
autodevice()(在 scglue.models.nn 模块中)
avg_silhouette_width()(在 scglue.metrics 模块中)
avg_silhouette_width_batch()(在 scglue.metrics 模块中)
B
BatchedTransferrable(scglue.models.scclue 中的类)
bedmap2anndata()(在 scglue.data 模块中)
Bed(scglue.genomics 中的类)
BernoulliDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
C
check() (scglue.check.Checker 方法)
check() (scglue.check.CmdChecker 方法)
check() (scglue.check.ModuleChecker 方法)
check_deps()(在 scglue.check 模块中)
check_graph()(在 scglue.graph 模块中)
Checker(scglue.check 中的类)
cis_regulatory_ranking()(在 scglue.genomics 模块中)
Classifier(scglue.models.sc 中的类)
Classifier(scglue.models.scclue 中的类)
clean() (scglue.models.data.Dataset 方法)
CmdChecker(scglue.check 中的类)
col_pcc()(在 scglue.num 模块中)
col_spr()(在 scglue.num 模块中)
col_var()(在 scglue.num 模块中)
collapse_multigraph()(在 scglue.graph 模块中)
compile() (scglue.models.base.Model 方法)
compile() (scglue.models.scclue.SCCLUEModel 方法)
compile() (scglue.models.scglue.PairedSCGLUEModel 方法)
compile() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
compose_multigraph()(在 scglue.graph 模块中)
CompositeDataEncoder(scglue.models.scclue 中的类)
compute_dist() (scglue.models.scclue.BernoulliDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.DataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.MSEDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.NBDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.NormalDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.RMSEDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.ZILNDataDecoder 方法)
compute_dist() (scglue.models.scclue.ZINDataDecoder 方法)
compute_l() (scglue.models.sc.DataEncoder 方法)
compute_l() (scglue.models.sc.NBDataEncoder 方法)
compute_l() (scglue.models.sc.VanillaDataEncoder 方法)
compute_l() (scglue.models.scclue.CompositeDataEncoder 方法)
compute_l() (scglue.models.scclue.NBCompositeDataEncoder 方法)
compute_l() (scglue.models.scclue.VanillaCompositeDataEncoder 方法)
compute_losses() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
compute_losses() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
compute_losses() (scglue.models.scglue.PairedSCGLUETrainer 方法)
compute_losses() (scglue.models.scglue.SCGLUETrainer 方法)
ConfigManager(scglue.utils 中的类)
configure_dataset()(在 scglue.models 模块中)
ConstrainedDataFrame(scglue.utils 中的类)
count_prep()(在 scglue.data 模块中)
cov_mat()(在 scglue.num 模块中)
cross_predict() (scglue.models.scclue.SCCLUEModel 方法)
D
DataDecoder(scglue.models.glue 中的类)
DataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
DataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
DataEncoder(scglue.models.glue 中的类)
DataEncoder(scglue.models.sc 中的类)
DataLoader(scglue.models.data 中的类)
Dataset(scglue.models.data 中的类)
decode_data() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
DelayedKeyboardInterrupt(scglue.utils 中的类)
densify()(在 scglue.num 模块中)
Discriminator(scglue.models.glue 中的类)
Discriminator(scglue.models.sc 中的类)
Discriminator(scglue.models.scclue 中的类)
dist_power_decay()(在 scglue.genomics 模块中)
E
EarlyStopping(scglue.models.plugins 中的类)
ElementDataEncoder(scglue.models.scclue 中的类)
encode_data() (scglue.models.scclue.SCCLUEModel 方法)
encode_data() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
encode_graph() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
ens_trim_version()(在 scglue.genomics 模块中)
estimate_balancing_weight()(在 scglue.data 模块中)
expand() (scglue.genomics.Bed 方法)
extract_rank_genes_groups()(在 scglue.data 模块中)
F
fit() (scglue.models.base.Model 方法)
fit() (scglue.models.base.Trainer 方法)
fit() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
fit() (scglue.models.scclue.SCCLUEModel 方法)
fit() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
fit() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
fit_SCGLUE()(在 scglue.models 模块中)
format_data() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
format_data() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
format_data() (scglue.models.scglue.PairedSCGLUETrainer 方法)
format_data() (scglue.models.scglue.SCGLUETrainer 方法)
forward() (scglue.models.glue.DataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.glue.DataEncoder 方法)
forward() (scglue.models.glue.Discriminator 方法)
forward() (scglue.models.glue.GLUE 方法)
forward() (scglue.models.glue.GraphDecoder 方法)
forward() (scglue.models.glue.GraphEncoder 方法)
forward() (scglue.models.glue.Prior 方法)
forward() (scglue.models.nn.GraphAttent 方法)
forward() (scglue.models.nn.GraphConv 方法)
forward() (scglue.models.sc.DataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.DataEncoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.Discriminator 方法)
forward() (scglue.models.sc.GraphDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.GraphEncoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.IndDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.NBDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.NormalDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.Prior 方法)
forward() (scglue.models.sc.ZILNDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.ZINBDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.sc.ZINDataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.scclue.CompositeDataEncoder 方法)
forward() (scglue.models.scclue.DataDecoder 方法)
forward() (scglue.models.scclue.Discriminator 方法)
forward() (scglue.models.scclue.ElementDataEncoder 方法)
forward() (scglue.models.scclue.SCCLUE 方法)
foscttm()(在 scglue.metrics 模块中)
freeze_cells() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
freeze_running_stats()(在 scglue.models.nn 模块中)
G
get_chained_attr()(在 scglue.utils 模块中)
get_chr_len_from_fai()(在 scglue.genomics 模块中)
get_default_numpy_dtype()(在 scglue.models.nn 模块中)
get_gene_annotation()(在 scglue.data 模块中)
get_logger() (scglue.utils.LogManager 方法)
get_losses() (scglue.models.base.Model 方法)
get_losses() (scglue.models.base.Trainer 方法)
get_losses() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
get_losses() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
get_metacells()(在 scglue.data 模块中)
get_rs()(在 scglue.utils 模块中)
GLUETrainer(scglue.models.glue 中的类)
GLUE(scglue.models.glue 中的类)
graph2triplet() (scglue.models.data.GraphDataset 方法)
graph_connectivity()(在 scglue.metrics 模块中)
GraphAttent(scglue.models.nn 中的类)
GraphConv(scglue.models.nn 中的类)
GraphDataset(scglue.models.data 中的类)
GraphDecoder(scglue.models.glue 中的类)
GraphDecoder(scglue.models.sc 中的类)
GraphEncoder(scglue.models.glue 中的类)
GraphEncoder(scglue.models.sc 中的类)
Gtf(scglue.genomics 中的类)
I
IndDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
IndNBDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
IndNormalDataDocoder(scglue.models.sc 中的类)
IndSCGLUE(scglue.models.scglue 中的类)
IndZILNDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
IndZINBDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
IndZINDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
integration_consistency()(在 scglue.models.dx 模块中)
interval_dist()(在 scglue.genomics 模块中)
L
load_model()(在 scglue.models 模块中)
load_state_dict() (scglue.models.base.Trainer 方法)
load_state_dict() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
load_state_dict() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
log_prob() (scglue.models.prob.MSE 方法)
log_prob() (scglue.models.prob.RMSE 方法)
log_prob() (scglue.models.prob.ZILN 方法)
log_prob() (scglue.models.prob.ZIN 方法)
log_prob() (scglue.models.prob.ZINB 方法)
logged()(在 scglue.utils 模块中)
LogManager(scglue.utils 中的类)
LRScheduler(scglue.models.plugins 中的类)
lsi()(在 scglue.data 模块中)
M
mean_average_precision()(在 scglue.metrics 模块中)
metacell_corr()(在 scglue.data 模块中)
metacell_regr()(在 scglue.data 模块中)
Model(scglue.models.base 中的类)
ModuleChecker(scglue.check 中的类)
MSEDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
MSE(scglue.models.prob 中的类)
N
NBCompositeDataEncoder(scglue.models.scclue 中的类)
NBDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
NBDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
NBDataEncoder(scglue.models.sc 中的类)
neighbor_conservation()(在 scglue.metrics 模块中)
NormalDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
NormalDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
normalize() (scglue.models.sc.DataEncoder 方法)
normalize() (scglue.models.sc.NBDataEncoder 方法)
normalize() (scglue.models.sc.VanillaDataEncoder 方法)
normalize() (scglue.models.scclue.CompositeDataEncoder 方法)
normalize() (scglue.models.scclue.NBCompositeDataEncoder 方法)
normalize() (scglue.models.scclue.VanillaCompositeDataEncoder 方法)
normalize_edges()(在 scglue.num 模块中)
normalized_mutual_info()(在 scglue.metrics 模块中)
nucleotide_content() (scglue.genomics.Bed 方法)
P
PairedSCGLUEModel(scglue.models.scglue 中的类)
PairedSCGLUETrainer(scglue.models.scglue 中的类)
ParallelDataLoader(scglue.models.data 中的类)
pcc_mat()(在 scglue.num 模块中)
prc()(在 scglue.plot 模块中)
prepare_shuffle() (scglue.models.data.Dataset 方法)
Prior(scglue.models.glue 中的类)
Prior(scglue.models.sc 中的类)
prob_or()(在 scglue.num 模块中)
prod()(在 scglue.num 模块中)
propose_shuffle() (scglue.models.data.AnnDataset 方法)
propose_shuffle() (scglue.models.data.ArrayDataset 方法)
propose_shuffle() (scglue.models.data.Dataset 方法)
propose_shuffle() (scglue.models.data.GraphDataset 方法)
R
random_split() (scglue.models.data.AnnDataset 方法)
random_split() (scglue.models.data.ArrayDataset 方法)
reachable_vertices()(在 scglue.graph 模块中)
read_bed()(scglue.genomics.Bed 类方法)
read_bed()(在 scglue.genomics 模块中)
read_ctx_grn()(在 scglue.genomics 模块中)
read_gtf()(scglue.genomics.Gtf 类方法)
read_gtf()(在 scglue.genomics 模块中)
rectify()(scglue.genomics.Bed 类方法)
rectify()(scglue.genomics.Gtf 类方法)
rectify()(scglue.utils.ConstrainedDataFrame 类方法)
register_prob_model()(在 scglue.models.scclue 模块中)
register_prob_model()(在 scglue.models.scglue 模块中)
regulatory_inference()(在 scglue.genomics 模块中)
report_metrics() (scglue.models.base.Trainer 方法)
RMSEDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
RMSE(scglue.models.prob 中的类)
rna_anchored_guidance_graph()(在 scglue.genomics 模块中)
rna_anchored_prior_graph()(在 scglue.genomics 模块中)
roc()(在 scglue.plot 模块中)
run_command()(在 scglue.utils 模块中)
S
sankey()(在 scglue.plot 模块中)
save() (scglue.models.base.Model 方法)
SCCLUEModel(scglue.models.scclue 中的类)
SCCLUETrainer(scglue.models.scclue 中的类)
SCCLUE(scglue.models.scclue 中的类)
scglue
模块
scglue.check
模块
scglue.data
模块
scglue.genomics
模块
scglue.graph
模块
scglue.metrics
模块
scglue.models
模块
scglue.models.base
模块
scglue.models.data
模块
scglue.models.dx
模块
scglue.models.glue
模块
scglue.models.nn
模块
scglue.models.plugins
模块
scglue.models.prob
模块
scglue.models.sc
模块
scglue.models.scclue
模块
scglue.models.scglue
模块
scglue.num
模块
scglue.plot
模块
scglue.typehint
模块
scglue.utils
模块
SCGLUEModel(scglue.models.scglue 中的类)
SCGLUETrainer(scglue.models.scglue 中的类)
SCGLUE(scglue.models.scglue 中的类)
set_publication_params()(在 scglue.plot 模块中)
seurat_alignment_score()(在 scglue.metrics 模块中)
shuffle() (scglue.models.data.Dataset 方法)
shuffle_worker() (scglue.models.data.Dataset 方法)
sigmoid()(在 scglue.num 模块中)
SingletonMeta(scglue.utils 中的类)
split_attribute() (scglue.genomics.Gtf 方法)
spr_mat()(在 scglue.num 模块中)
state_dict() (scglue.models.base.Trainer 方法)
state_dict() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
state_dict() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
strand_specific_end_site() (scglue.genomics.Bed 方法)
strand_specific_start_site() (scglue.genomics.Bed 方法)
T
Tensorboard(scglue.models.plugins 中的类)
tfidf()(在 scglue.num 模块中)
to_bed() (scglue.genomics.Gtf 方法)
to_bedtool() (scglue.genomics.Bed 方法)
train_step() (scglue.models.base.Trainer 方法)
train_step() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
train_step() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
train_step() (scglue.models.scglue.SCGLUETrainer 方法)
Trainer(scglue.models.base 中的类)
TrainingPlugin(scglue.models.base 中的类)
transfer_labels()(在 scglue.data 模块中)
transfer_weights_from() (scglue.models.scclue.BatchedTransferrable 方法)
transfer_weights_from() (scglue.models.scclue.SCCLUE 方法)
transfer_weights_from() (scglue.models.scclue.Transferrable 方法)
Transferrable(scglue.models.scclue 中的类)
U
unfreeze_cells() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
upgrade() (scglue.models.base.Model 方法)
upgrade() (scglue.models.scglue.SCGLUEModel 方法)
V
val_step() (scglue.models.base.Trainer 方法)
val_step() (scglue.models.glue.GLUETrainer 方法)
val_step() (scglue.models.scclue.SCCLUETrainer 方法)
VanillaCompositeDataEncoder(scglue.models.scclue 中的类)
VanillaDataEncoder(scglue.models.sc 中的类)
verify()(scglue.genomics.Bed 类方法)
verify()(scglue.genomics.Gtf 类方法)
verify()(scglue.utils.ConstrainedDataFrame 类方法)
vertex_degrees()(在 scglue.num 模块中)
W
window_graph()(在 scglue.genomics 模块中)
write_bed() (scglue.genomics.Bed 方法)
write_links()(在 scglue.genomics 模块中)
write_scenic_feather()(在 scglue.genomics 模块中)
Z
ZILNDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
ZILNDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
ZILN(scglue.models.prob 中的类)
ZINBDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
ZINB(scglue.models.prob 中的类)
ZINDataDecoder(scglue.models.sc 中的类)
ZINDataDecoder(scglue.models.scclue 中的类)
ZIN(scglue.models.prob 中的类)
模
模块
scglue
scglue.check
scglue.data
scglue.genomics
scglue.graph
scglue.metrics
scglue.models
scglue.models.base
scglue.models.data
scglue.models.dx
scglue.models.glue
scglue.models.nn
scglue.models.plugins
scglue.models.prob
scglue.models.sc
scglue.models.scclue
scglue.models.scglue
scglue.num
scglue.plot
scglue.typehint
scglue.utils
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