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GLUE图标

scglue 实现了模型 GLUE(Graph Linked Unified Embedding),用于整合非配对的单细胞多组学数据。

GLUE 是一个灵活的框架,它利用包含先验特征关系的知识,在整合非配对的多模态数据的过程中能够弥合不同数据特征空间之间的差距。

在整合非配对的单细胞多组学背景下,每个数据模态代表了一个组学层,如scRNA-seq, scATAC-seq和snmC-seq等。“非配对”在这里是指:我们并不是在同一个单细胞中探测多个组学层的,而是在(可能来自同一细胞群的)多个细胞中分别探测的。先验知识可以是组学特征之间的调控关系,如在整合scRNA-seq和scATAC-seq时的RNA基因和ATAC峰。RNA基因和ATAC峰之间的相互作用被组织成一个引导图,用于帮助 GLUE 确定多组学整合的方向。

模型结构

如果要开始使用 scglue,请查看 安装指南教程

关于 GLUE 框架的更多细节,请查看我们的 论文

如果要查看本文档的英文版本,请访问 https://scglue.readthedocs.io

索引和表格