scglue
v0.3.1
目录:
安装指南
教程
第一步:数据预处理
第二步:模型训练
第三步:调控推断
附:在部分配对的数据上训练模型
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教程
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教程
scglue
工作流程可以分为以下两个阶段。我们为每个阶段分别提供独立的教程,以scRNA-seq和scATAC-seq数据整合为例进行讲解。
第一步:数据预处理
读取数据
预处理scRNA-seq数据
预处理scATAC-seq数据
构建先验调控图
获取基因组坐标
图构建
保存预处理过的数据文件
第二步:模型训练
读取预处理数据
配置数据
训练GLUE模型
模型整合诊断
应用模型——细胞和特征嵌入
第三步:调控推断
读取中间结果
用GLUE特征嵌入进行顺式调控推断
可视化推断的顺式调控区域
基于推断的顺式调控区域构建TF-靶基因调控网络
生成一个共表达网络
经由ATAC峰生成TF顺式调控排序
经由近端启动子生成TF顺式调控排序(可选)
使用顺式调控排序修剪共表达网络
可视化推断得到的TF-靶基因网络
附:在部分配对的数据上训练模型
读取预处理数据
使用
obs_names
标记配对的细胞
配置数据
训练GLUE模型
继续参照 第二步 进行
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