scglue
latest

目录:

  • 安装指南
  • 教程
    • 第一步:数据预处理
    • 第二步:模型训练
    • 第三步:调控推断
    • 附:在部分配对的数据上训练模型
  • 示例数据集
  • API文档
  • 发布说明
  • 开发者指南
  • 鸣谢
scglue
  • 教程
  • 在 GitHub 上编辑

教程

scglue 工作流程可以分为以下两个阶段。我们为每个阶段分别提供独立的教程,以scRNA-seq和scATAC-seq数据整合为例进行讲解。

  • 第一步:数据预处理
    • 读取数据
    • 预处理scRNA-seq数据
    • 预处理scATAC-seq数据
    • 构建先验调控图
      • 获取基因组坐标
      • 图构建
    • 保存预处理过的数据文件
  • 第二步:模型训练
    • 读取预处理数据
    • 配置数据
    • 训练GLUE模型
    • 模型整合诊断
    • 应用模型——细胞和特征嵌入
  • 第三步:调控推断
    • 读取中间结果
    • 用GLUE特征嵌入进行顺式调控推断
    • 可视化推断的顺式调控区域
    • 基于推断的顺式调控区域构建TF-靶基因调控网络
      • 生成一个共表达网络
      • 经由ATAC峰生成TF顺式调控排序
      • 经由近端启动子生成TF顺式调控排序(可选)
      • 使用顺式调控排序修剪共表达网络
    • 可视化推断得到的TF-靶基因网络
  • 附:在部分配对的数据上训练模型
    • 读取预处理数据
    • 使用 obs_names 标记配对的细胞
    • 配置数据
    • 训练GLUE模型
    • 继续参照 第二步 进行
上一页 下一页

© 版权所有 Gao Lab, 2022. 版本 679989bc.

利用 Sphinx 构建,使用的 主题 由 Read the Docs 开发.
Read the Docs v: latest
版本
latest
stable
v0.3.2
v0.3.1
v0.3.0
下载
托管于 Read the Docs
项目主页
构建